《药师宝忏》中列述众生无始以来有十六种病：

1.  贪瞋嫉妬之病

2.  憍慢自傲之病

3.  不识善恶之病

4.  不信罪福之病

5.  不孝五逆之病

6.  破辱三宝之病

7.  不修斋戒之病

8.  破犯尸罗之病

9.  自赞毁他之病

10.  贪得无厌之病

11.  迷声逐色之病

12.  贪香爱触之病

13.  信邪倒见之病

14.  躭淫嗜酒，放逸无度之病

15.  设复遇医，授与非药之病

16.  无余量灾难陵辱，悲愁煎逼，身心受苦之病

药师如来慈悲大医王，应病设十三种药：

1.  慈悲喜舍是药

2.  忍辱柔和是药

3.  正信三宝是药

4.  勤修福慧是药

5.  六波罗蜜是药

6.  饱餐甘露是药

7.  贪求法味是药

8.  修真养气是药

9.  返本还元是药

10.  有过能改是药

11.  善巧方便是药

12.  不动声色是药

13.  清心断欲是药

常用如是等药捣筛和合，时取服之。

众生若病，应同一病；众生须药，应同一药。若说多法，是名颠倒；若据一乘实相而言，则何增何减，何垢何净，何善何恶，何罪何福，何病何药？

观昔方便，如梦中人，梦身患病，求医服药，而得除愈。及其梦醒，则悟本来无病，无病亦无，而况医药？

故众生之病，同一幻病；如来之药，同一幻药。故知如来说法，一相一味。所谓解脱相、离相、灭相，究竟涅槃，终归于空。如一云所雨，而药树大小，各得滋茂。